Obecným zájmem výzkumu skupiny M. Eliáše (i mimo rámec projektu CePaViP) je porozumět rozmanitosti a evoluce eukaryotických mikroorganismů na molekulární a buněčné úrovni. Hlavními výzkumnými přístupy jsou generování genomických a transkriptomických dat ze studovaných organismů, bioinformatické a fylogenetické analýzy, v menší míře běžné metody molekulární biologie a biochemie. Hlavními dílčími tématy zkoumanými v rámci projektu CePaViP je evoluce a funkce rozsáhlé rodiny proteinu s GTPasovou aktivitou, evoluční a funkční aspekty organel (mitochondrií a plastidů), evoluce genetického kódu, a srovnávací genomika protistů.
Členové skupiny: Nikola Burdíková, dr. Dovilé Barcyté, dr. Karin Jaške, dr. Jiří Pergner, dr. Romana Vargová, dr. Tatiana Yurchenko
Laboratoř prof. Yurchenka se zabývá všemi aspekty biologie trypanosomatidů, zejména pak evolucí a vznikem parazitismu, funkční rolí endosymbiotických bakterií, popřípadě RNA viry a mnoha dalšími souvisejícími tématy. Vědci v laboratoři využívají širokou škálu moderních metod molekulární biologie, od generování geneticky modifikovaných buněčných linií, až po celogenomové a transkriptomové analýzy. Hlavním směrem výzkumu v rámci projektu CePaViP je molekulární charakterizace virulentních faktorů determinujících infekčnost leishmanií a molekulární srovnání jednohostitelských a dvouhostitelských trypanosomatidů, jež si klade za cíl identifikovat geny a biochemické dráhy zodpovědné za patogenitu těchto parazitů u člověka.
Členové skupiny: dr. Anzhelika Butenko, Amanda Tábita da Silva Albanaz, Anastasiia Bykova, dr. Danyil Grybchuk, Mgr. Ľubomíra Chmelová, dr. Natalia Kraeva, Mgr. Aleksei Kostygov, Andreu Rebollar Saura, Ingrid Sveráková